Wygląda na to, że zamknięte sterowniki do kart NVIDIA gryzą się z Xorg w wersji z repozytorium testowego i niestabilnego . Rozwiązania są dwa - cofnąć sobie Xorg do wersji stabilnej (zabawa z plikiem /etc/apt/preferences), albo przesiadka na otwarte sterowniki (tego nie sprawdzałem, ale przypuszczam...

Co do narzędzi programistycznych do mikrokontrolerów AVR, to kompilator to gcc-avr, a z programatorów polecam avrdude. Oba obsługuje się z konsoli, więc edytora/IDE używasz jakiego chcesz. Ja np. używam gedit.