hm..
że tak zapytam...

wpisz iptables w konsoli... bo mam wrażenie że nie usunąłeś starego iptables domyślnie zainstalowanego w dystrybucji. I zapewne nie przeniosło i nie nadpisało nowy - być może dlatego różnica.

Ręcznie przekopiuj nowo skompilowane IPTABLES do /sbin.

Daj znać jak poszło.