1.Oba wymagają środowiska graficznego, które na etapie przetwarzania rc.local nie jest jeszcze uruchomione
2. Oba powinny startować z uprawnieniami użytkownika, programy z rc.local startują z uprawnieniami root, WRONG WAY.
W skrócie, poczytaj forum, zwłaszcza dział "Dla początkujących".