Na tak postawione pytanie odpowiedź jest jednoznaczna: absolutnie nic.Co mogę zrobić w Perlu czego nie mogę zrobić w PHP?
Php jest wbrew jeszcze powszechnej opinii, językiem ogólnego przeznaczenia (przynajmniej od wersji 5), a dzięki php-cli świetnie nadaje się do pisania administracyjnych skryptów. Absolutnie w niczym nie ustępuje perlowi.
Kwestia jest innego rodzaju: Czy php jest na tyle popularne, że znajdziesz go na każdym systemie, którym przyjdzie Ci administrować. No i tu rzeczywiście perl wygrywa. Wiem to z własnego doświadczenia. Programuję w php, jest to mój ulubiony język, jednak w pracy zawodowej serwery, które nie są hostingowe, nie posiadają php (a samowolna instalacja czy kompilacja jest zabroniona, zresztą jeśli jest polityka, że nie pisze się skryptów w php to nawet na hostingowym nie napiszesz), a perl jest zawsze.
Zatem, administrator winien uczyć się perla, bo się przydaje. Bash starcza do bardzo wielu rzeczy jednak bardziej skomplikowane skrypty wypada pisać w czymś innym.
Odnośnie pythona to niestety też nie jest on powszechny na serwerach, więc, sytuacja się powtarza. Jest świetnym językiem do administracji, no ale założyć, że zawsze będziesz mógł wybrać język, nie możesz. Zatem pozostaje perl bądź c++, i skoro znasz php to ja bym zaczął przygodę z c++. Wówczas sobie skompilujesz programik i rządzisz