Może próbujesz zabić proces, do którego nie masz praw? (Proces tworzony przez komendę system() dziedziczy uprawnienia wątku serwera HTTPD, w domyślnych konfiguracjach Debiana są to uprawnienia użytkownika www-data).
Edycja: Zawsze możesz spróbować wywołać komendę exec() z parametrami, w których zostanie zapisane wyjście komendy. W takim przypadku nie zapomnij dodać przekierowania strumienia stderr do stdout (2>&1).
venevox, serwer Ci niemiły? :-> Nie po to serwer www działa z ograniczonymi uprawnieniami, żeby je zwiększać. Dużo lepszym wyjściem jest użycie system()+sudo lub ssh2_exec()+sudo jeśli tak bardzo potrzebujesz większych uprawnień.
Nie programuje dużo stron www, więc mogę się mylić, ale może np lepszym rozwiązaniem byłoby napisanie CGI np. w pythonie. Może będzie łatwiej ten język wykorzystać do zaawansowanego www. Tak z ciekawości